Die funktionelle Organstörung wird durch Störungen, die nicht im Organ oder dem emotionalen Erleben selbst begründet sind, hervorgerufen.

Es handelt sich um Störungen, die mit schulmedizinischen Analysemethoden meist nicht nachweisbar sind. Das Organ ist laut allen Untersuchungen in Ordnung, die Ergebnisse zeigen keine Auffälligkeiten.

Die funktionellen Störungen sind meist bedingt durch Störungen im Bereich der zuleitenden Nerven der Organaufhängungen und der Organmuskulatur selbst, ferner findet sich ein kausaler Zusammenhang mit der Wirbelsäule.